1- مكتب رئيس المفوضية :-

ويهتم بكل ماهو فني ويخص المفوضية ويرأس هذا المكتب السيد رئيس المفوضية د. معاذ أحمد محمد تنقو وتشتمل الادارة على :

المكتب التنفيذي والسكرتارية والارشيف وقسم الخرائط والوثائق

2- مكتب الأمين العام :-

ويهتم بكل الاجراءات الادارية والمالية الخاصة بالمفوضية ويرأسه السيد/ لواء م. بشير مكي الباهي وتشتمل الادارة على :

السكرتارية

3- إدارة الحدود :-

وتختص بالاتي :-

1/ توفير  المعلومات الأساسية بين الحدود الدولية والحدود الولائية .

2/ متابعة مقررات اللجان الفنية .

3/أعداد الخرائط الخاصة بالحدود .

4/تقديم تقارير دورية عن الحدود.

5/ ابداء الرأي الفني قضايا واشكالات الحدود الأمنية .

6/وضع  الخطط والبرامج التي تساعد في التخطيط والمحافظة علي الحدود.

7/ حصر المعابر الحدودية وتحديد مواقعها.

8/ القيام بأعمال المقررين لكل اللجان المؤقتة في قضايا الحدود الدولية والداخلية .

9/وضع خطة في حلول نزاعات الحدود.

10/انجاز التكاليف التي ترد من رئيس المفوضية أو اللجنة الفنية الدائمة.

11/وضع المواصفات الفنية للعلامات الحدودية.

12/ الاشراف علي الاجهزة الفنية.

13/الاشراف علي الطرق الفنية الخاصة بتخطيط الحدود.

14/مد كل إدارات المفوضية بالمعلومات الفنية عن الحدود.

15/متابعة الاعلام (المسموع -المرئي -المقروء)فيما يخص قضايا الحدود بالسودان مع إدارة الاعلام وكتابه التقارير عن السيد رئيس المفوضية.

16/ توفير الاستشارات الفنية للحدود للسيد رئيس المفوضية ذلك.

17/تمثيل المفوضية داخلياً وخارجياً.

18/ العمل مع إدارة التدريب لتدريب الكادر الفنية بالاداره.

4- إدارة المناطق والحدود البحرية :-

وتختص بالاتي:-